遺伝子発現データーベース

概要

各種組織、細胞での遺伝子発現をデーターベース化したもの。 ポストゲノミック時代の手法としてまず注目されているのはこうした遺伝子発現解析であり、近年DNAアレイなどの手法が考案され、組織や細胞で発現している遺伝子を全体として(トランスクリプトソームという)解析することが可能となったことにより、各種機関が遺伝子発現のデーターベースを公開するようになった。

東大医科学研究所ボディマッププロジェクト

東大先端研システム生物医学ユニットデーターベース

アメリカ GEO project

アメリカ スタンフォード大学

イギリスmicroarray informatics

アメリカMGED project

イギリスmutagenesisi project

などがある。 東大先端研のサイトが初心者にも使いやすく、まずはお勧め!

また登録(無料)が必要であるが、癌遺伝子の発現プロファイルoncomineも使いやすくておすすめ。

oncomine profiling database

NCBIのDigital Differential DisplayもiPSの山中先生がiPS作成のもととなるES細胞特異的な遺伝子(ECAT)を発見するのに利用したことで有名。膨大な数のアレーデーターを比較できることが魅力です。

Digital Differential Display

最後に、アレー解析に有用なGene ontology(GO)のデータベースは、 一括でGO annotationが検索できるSOURCEが使いやすい。

SOURCE

あとおまけで、国立成育医療センターがやっているアレルギー関連細胞のマイクロアレーデータは以下です。 ちょっとマニアックですが。。

国立成育医療センターデーターベース

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