遺伝子解析ソフトウエア

定義

遺伝子研究を行う際のツール。プラスミド作成、プライマー作成、DNAシークエンス等で欠かせないソフトウエア。最近ではフリーのものも多く出回るようになってきた。またこれまではMac環境でないとつかえないものも多かったが、Windowsでも使用可能なものが増えてきた。 ここにはその一例を示す。

リンク集

★DNAサーチ DDBJのが使いやすく、早い。

BLAST@DDBJ

★Genomeサーチ(マウス) NCBIのものが使いやすい。

MouseBLAST@NCBI

★タンパクサーチ

蛋白データーベース

★PCRプライマーのデザインソフト。フリーで手軽に扱える。

Fast PCR

★DNAシークエンサーデータービューワーの定番。フリーです。

Chromas

★アラインメントツールの定番。フリーです。

ClustalX

★アラインメントエディター。フリーです。

Bioedit

GeneDc

★遺伝子解析総合ソフトウエア

Windowsで動く遺伝子解析ソフトとしては最高。2万円程度なのが玉に瑕だが、 絶対ほしくなる。以下のサイトにいくと45日有効な無料デモ版がゲットできる。

DNADynamo

Mac上で動く制限酵素地図作成ソフトであるが、翻訳等もできるすぐれもの。 今のところフリーです。

EnzymeX

Windowsでうごく遺伝子解析ソフト。翻訳、酵素サイト検出、PCRプライマーデザイン、アラインメントと大体のことができるうえ、フリーなのが最高です。

APE(A Plasmid Editor(ひかえめな名前です!)

これも結構フリーで出来が良いソフトです。

CLC Free workbench

任意のアミノ酸もしくはDNA配列に対し制限酵素サイトの可能性をピックアップしてくれるサイト DNA mutation用のprimerをデザインするのに便利

[http://www.rs.noda.tus.ac.jp/~biost/OPFU/yama/public_html/[[test]]/ddsp.htm DNA sequence design supporter]

★リンク集

研究に有用なソフトウエア

kuroの覚書

★その他(PDF関連など) 遺伝子解析とは関係ないですが、Mac上で動くpdf編集ソフト。複数のpdfをまとめたりできるので、論文作成に便利です。フリーなのもうれしい。

PDFlab

windowsむけPDFファイル作成ツール。文書、インターネットサイトなど印刷可能な文章からPDFを簡単に作成できます。ちょっとサイトをメモるのに便利

primoPDF

高速PDF文書ビューワー:アクロバットだとじれったい動作が簡単に出来、PC上でPDFファイルを見るのがすごくらくになります。

Foxit reader

PDFCreator:PDFだけでなく、EPSやTIFFファイルをワードなどから作成することができる。

PDFcreator

PDFーXchange-Viewer:PDFへの書き込みができるフリーソフト

PDFーXchange-Viewer

Gimp:Photoshop以上に使い勝手の良い画像処理ソフト

Gimp

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